En 1997, l’association des Amis de l’Orgue de Nantes et de Loire-Atlantique a décidé de préparer un dossier de restauration en accord avec le clergé et l’organiste titulaire. L’orgue étant propriété de la ville de Nantes, c’est en lien avec les services concernés qu’un cahier des charges précis a été défini.
Après un appel d’offres national, c’est le facteur Bernard Hurvy qui a été sélectionné pour ce travail.

C’est à l’automne 2002 que la première tranche des travaux a commencé, consistant à restaurer toutes les parties mécaniques et électriques de l’instrument ; à assurer une protection des tuyaux et une meilleure réflexion du son vers la nef.
La deuxième tranche des travaux a porté sur quelques modifications dans la composition des jeux ; sur la fabrication de nouveaux tuyaux pour recomposer les Pleins-jeux et adjoindre une nouvelle Trompette, une nouvelle flûte ; sur une révision, quelques adaptations et compléments de tuyauterie et enfin sur l’harmonisation de l’ensemble.